コラム
税務調査

【横浜の税務調査】流れと対策を徹底解説！税理士に相談すべきケースとは

公開日：2025.12.18

横浜で事業を営む経営者、特に会社設立や創業間もない企業にとって、税務調査は未知の不安要素かもしれません。

しかし、税務調査は日々の経理の正確さを確認する機会であり、適切に備えていれば恐れる必要はありません。

このコラムでは、横浜に特化した専門家チームである横浜会社設立サポートオフィスが、2025年最新の税務調査の流れと、失敗しないための対策を具体的に解説します。そして、最大の対策である「経理代行・税務顧問」の重要性をお伝えします。

【このコラムを読むメリット】

税務調査の全貌と流れ（事前通知〜終了）が正確にわかります。
調査でチェックされる具体的なポイントと、失敗しないための対策がわかります。
経理代行が最大の税務調査対策になる理由がわかります。

1. 横浜の企業が知っておくべき税務調査の基礎知識

税務調査とは、納税者が申告した税金の内容が、税法に基づいて正しく計算・申告されているかを税務署が確認するために行う調査です。ほとんどのケースは「任意調査」として行われ、強制力はありませんが、正当な理由なく拒否することはできません。

2025年最新の税務調査の動向と傾向

2025年に入り、税務調査には以下のデジタル化と制度化の傾向が強く表れています。

デジタル技術の活用と効率化の強化：
税務署内でのAIを活用したデータ分析が進んでいます。これにより、申告内容の異常値や、同業他社と比べて不自然な数値を持つ企業が、以前よりも効率的かつ正確に抽出されるようになっています。
インボイス制度定着による消費税調査の強化：
2023年10月に導入されたインボイス制度が定着したことで、取引の透明性が増しました。これにより、消費税に関する調査が以前にも増して強化される傾向にあります。
創業期・成長期の中小企業への視点：
売上や利益が急伸している創業間もない企業やスタートアップは、経理体制が未整備であるケースが多く、調査の対象になりやすい傾向があります。

2. 【実録】税務調査の「流れ」をステップ別に解説

税務調査の「流れ」を知っておくことが、不安を解消する第一歩です。任意調査の場合、通常は以下の流れで進みます。

ステップ1：税務署からの事前通知が入る

税務調査が行われる場合、通常は調査の1週間〜10日前に税務署から電話で通知があります。この通知で、調査の日時、場所、対象税目（法人税、消費税など）、期間、担当調査官の氏名が伝えられます。

【当事務所の訴求ポイント】

横浜会社設立サポートオフィスで税務顧問を受けているお客様の場合、この事前通知は事務所の担当税理士に直接入ります。経営者様が不意の連絡で動揺することなく、税理士が事前に対策を練り、日程調整から対応できるため安心です。

ステップ2：調査当日（聞かれること・チェックポイント）

調査は通常、会社の事務所で行われ、1〜2名の調査官が訪問し、1日〜数日間かけて行われます。

調査官が必ず聞くこと（ヒアリング）

会社の概要や事業内容: 設立経緯、主力商品・サービス、仕入先・販売先、従業員構成など。
経理処理の体制: 経理担当者の有無、会計ソフトの利用状況、日々の現金の管理方法。
現金の残高確認: 金庫やレジ内の現金残高を実際に数え、帳簿残高と一致しているか確認されます。

調査官が必ずチェックするポイント

調査官が特に注視するのは、「売上の漏れがないか」「経費が私的な支出ではないか」の2点です。

チェック項目	具体的な確認対象	税理士の視点からの対策
売上計上漏れ	預金通帳（不明な入金の確認）、請求書と売上帳の整合性、期末の棚卸資産の処理。	売上の計上時期（実現主義）が正しく処理されているか日々確認することが重要です。
私的な経費の混入	領収書の宛名・内容、事業主勘定（個人事業主）、旅費交通費、福利厚生費。	事業との関連性を明確に説明できる資料の整備（会議議事録など）が必要です。
人件費・外注費	給与台帳、源泉徴収簿、外注契約書。外注費として処理したものが、実質的に給与（源泉徴収漏れ）ではないかを厳しくチェックします。	契約内容や業務実態を明確化し、適正な処理を行っておく必要があります。

ステップ3：指摘事項の確認と交渉

調査の結果、申告漏れや誤りが発見された場合、調査官からその内容が説明されます。

指摘事項に同意する場合は修正申告を行い、追加で本税に加え、過少申告加算税や延滞税といった追徴課税を納付することになります。納得できない場合は、税理士を通じて主張や交渉を行うことが可能です。

3. 税務調査で失敗しないための決定的な「対策」3原則

税務調査への対応で失敗しないための対策は、調査直前の準備よりも日々の備えに集約されます。

対策1：日々の会計帳簿と証憑の「正確な」整理（経理代行への誘導）

税務調査対策の9割は、日々の経理の正確さで決まります。調査官は、帳簿が正確に作られている企業に対しては、指摘事項が少ないと判断し、調査を深追いしません。

特に創業期の企業は、本業に集中するあまり経理が後回しになり、帳簿と領収書・通帳が一致しないといった不備が生じがちです。これこそが、調査官に目をつけられる最大の要因です。

【最大の対策：経理代行の活用】

経理をプロに代行（税務顧問）することで、完璧な帳簿が自動的にできあがります。

証憑の不備、金額の間違いといった基本的なミスがなくなります。
経費計上や売上計上時期を税法に照らして正確に処理できます。
調査官に対して「この企業はプロが管理している」という信頼性を与えられます。

対策2：自分で対応せず、曖昧な回答を避ける

税務調査当日、経営者ご自身だけで対応すると、調査官の質問に対し、事実と異なることや、不要な情報をうっかり話してしまうリスクがあります。

「知りません」「わかりません」といった曖昧な回答は、隠ぺいを疑われる原因になります。
質問には事実のみを簡潔に答えることが鉄則です。
税理士が立ち会うことで、質問への回答を整理し、専門的な判断が必要な場面で経営者様を守ることができます。

対策3：税務調査対応に強い税理士を「顧問」として持つ

税務調査の直前になって慌てて税理士を探すよりも、日頃から顧問契約を結んでいることが最も重要です。

顧問税理士であれば、会社の事業内容や経理のクセを深く理解しているため、調査官の質問の意図を把握し、的確な主張を行うことができます。

【横浜会社設立サポートオフィスのE-E-A-T】

私たちは横浜を拠点とし、地域に密着したサポートを行っています。地域の税務署の傾向や、特に創業期・成長期の企業への調査の視点を熟知しているため、その傾向を踏まえた「攻めと守り」の経理・税務戦略をご提案できます。

4. 【徹底比較】自分で対応 vs 顧問税理士に依頼

横浜会社設立サポートオフィスは、会社設立から税務調査まで一気通貫でサポートしています。当事務所の税理士が顧問として関与していれば、調査リスクを減らす日々の経理代行から、調査当日の立会い、交渉まで、ワンストップで対応可能です。

項目	自分で対応した場合のリスク	顧問税理士に依頼した場合のメリット
時間的・精神的負担	調査官対応、資料探しに本業の時間が奪われ、大きな精神的ストレスを負う。	経営者様は本業に集中でき、調査対応の煩雑な手間から解放される。
追徴課税（加算税など）	不利な発言や不十分な資料提出により、不当な指摘を受け、追徴税額が増えるリスクが高い。	税法の解釈や過去の判例に基づき、適正な主張・交渉ができるため、追徴リスクを最小化できる。
経理体制の改善	調査が終われば終わりで、日々の経理の根本的な問題は放置されたままになりがち。	調査を機に、日々の経理代行体制を見直し、調査に強い体制を構築できる。